A、染色体中DNA的一个碱基缺失属于基因突变，A错误；B、染色体变异可以用光学显微镜直接观察，基因突变不能在光学显微镜下观察到，B错误；C、基因突变是生物变异的根本来源，C正确；D、单倍体形成是由于生殖细胞未受精直接发育成生物体，D错误．故选：C．
