微生物的代谢产物或者其本身的菌种特性能够为人们利用，在生物医药，食品和发酵行业有着不可替代的作用，但是，刚从自然界分离得到的菌种，原始特性不能满足大规模的需要，因此，通过菌种改良的方法筛选菌种，能够降低生产成本，满足大规模生产需要。菌种育种方法很多，有推理育种，基因组重排，原生质体融合，抗性筛选，代谢工程等多种方法。
