A、第一次分裂前的间期都可以发生基因突变，A错误；B、有丝分裂和减数分裂过程中都可能发生染色体数目变异，B错误；C、有丝分裂和减数分裂过程中都可能发生染色体结构变异，C错误；D、基因重组只发生在减数分裂过程中，D正确．故选：D．
