应该向经销商要回已经开的全额发票,按实际收的货物重新开票,毕竟他们如果拒收部分货物,与实际发货和开票数量不符了,如果他们不返回来重开,等于是多了进项税。物流赔偿的钱不用开增值税专用发票,开普通发票就行了。因为物流赔付属于非经营业务,没有实物与之配合,不能开专用发票的。