A．CH3CH2CH2CH3和CH3CH（CH3）2分子式相同，不含官能团，为碳链异构，故A错误；
B．CH3CH2CH2CHO 和CH3 CH（CH3）CHO分子式相同，官能团相同，为碳链异构，故B错误；
C．CH3CH2OH含有羟基，属于醇，CH3OCH3含有醚基，属于醚类，二者分子式相同，含有官能团不同，为官能团异构，故C正确；
D．CH2=CHCH2CH3和CH3CH=CHCH3分子式相同，都含有C=C双键，双键位置不同，不是官能团异构，故D错误．
故选：C．
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