这个按照你们的合同办事儿就好，你的员工和你应该都有合同关系，只要在合同关系那那都是不违法的。
请进一步协商解决，请根据当地政策申请减免优惠，如社保减免，医保减免，研究一下员工企业停产停工一个工资周期以上是否可以安排发放全市最低工资。相关的手续和材料全部申请好。另外就是和员工协商停工期间发放工资打折，签署新的补充协议。
