根据铁路官网显示,从南通到南京的d5504次动车是到达南京站的,从南京到重庆的d2223次动车则是从南京南站发车的,所以两个不是同一个站点。在南京站乘坐地铁3号线,12站后在南京南站下车,全程需要30分钟左右。