A、用32P标记噬菌体的侵染实验中，上清液存在少量放射性可能是保温时间太长，细菌已裂解释放出了子代噬菌体，A正确；
B、噬菌体是病毒，没有细胞结构，不能再培养基上独立生存，必须寄生在活菌中才能培养，所以被35S标记的噬菌体是接种在用35S的培养基培养的大肠杆菌中获得的，B错误；
C、32P、35S标记的噬菌体侵染实验只能说明DNA是遗传物质，不能说明蛋白质不是遗传物质，C错误；
D、用噬菌体侵染3H标记的细菌，离心后检测到放射性主要分布在沉淀物中，D错误．
故选：A．
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