甜玉米的遗传特性属于胚乳性状的单隐性基因突变体。一旦接受了普通玉米的花粉基因，就会退化成普通玉米，丧失其优良种性，因此必须实行隔离栽培，防止串花变质。
隔离的方法有以下两种：一是地域隔离。即种植甜玉米的田块要和栽种普通玉米的田块隔开400米以上，也就是说在种甜玉米的田块周围400米范围内不能栽种和甜玉米同期开花的普通玉米。二是时差隔离。如在同一地区内同时种有甜玉米和普通玉米，则两者的开花散粉时期要错开30天以上。
