公司财务核算与分公司（非独立）费用承担的问题

你们分公司有单独的营业执照吗
1、如果没有，那分公司就是你们总公司的一个部门，不能独立核算，你自己内部考核的时候可以分开，单独按部门设置成本费用明细，但对外报表它的所有成本费用，收入都是总公司，这样亏损就是总公司承担了
2、如果有，那就应该独立核算，“所需的款项都是由分公司经理和财务向公司出具的借条借入的”，你这句话就是一个投资的业务，你们要是把公司给你们的钱设成往来那基本过不了税务和审记；如果亏损了，你说总公司把大部门费用让分公司承担，OK，单看总公司的报表是没有这些费用了，但分公司就亏损了，企业合并报表中（总公司+分公司）这费用就体现在了合并报表中，就是那就话“背着、抱着一样沉”
至于您说的“亏损部分的钱会不会让经理承担”要看你公司的具体章程了，有没有规定谁承担亏损责任和签字授权的内部控制了，

1)首先，你已经说了，你们的分公司是-非独立核算的分公司（没有营业执照的，在分公司经营过程中，所需的款项都是由分公司经理和财务向公司出具的借条借入的）

2）非独立核算的分公司与总公司之间的费用分摊问题，完全由总司内部与分公司的经营班子负责人之间来协商解决：即有规章的按规章、有协议的按协议

3)你们公司的经营资金都是有总公司借入的，实际的操作者确实在担经理的责任，那么，他即可以是一般的负责人，负责经营，也可以是承包人，但是你没有说，关键看你们与总公司之间有没有规定亏损的承担人是谁了，如果没有这一条，那么最多的就是少发点奖金吧了。