西域都护和伊犁将军都是官职。西域都护府才是机构。西域都护是较大的官职，位列封疆大吏，官秩二千石。汉时期的西域都护府倒是比较靠近伊犁河流域。伊犁将军从级别上而言应该是镇守伊犁地区的从属于西域都护的次两级官员，手握一地军权，名义上是听都护调遣，当然伊犁地处要地，伊犁将军一职应该都是都护亲信担任或者可能都护兼任。
西域都护府是汉朝的，而伊犁将军是清朝设置的。
管辖地域相似但不同。
西域都护府辖区
伊犁将军辖区
武周长安二年(702年)，武则天于庭州置北庭都护府。
公元前60年，为了管理统一后的西域，西汉在乌垒城（今轮台县境内）建立西域都护府。
唐贞观十四年（640年），在交河城（今新疆吐鲁番西雅尔郭勒）设安西都护府。
清乾隆二十七年（1762年）设立了“总统伊犁等处将军”（简称伊犁将军），开府办公
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