A、生物膜系统由细胞膜（①）、细胞器膜（③、⑤、⑥）和核膜（④）组成，A正确；B、⑥为线粒体，是细胞有氧呼吸的主要场所，能为细胞生命活动的进行提供大量ATP，B正确；C、③、⑤等细胞器使得细胞内同时进行不同化学反应，彼此互不干扰，这样可以提高化学反应的效率，C正确；D、③为高尔基体，与①细胞膜、④核膜没有直接联系，但⑤内质网膜与①细胞膜、④核膜有直接联系，D错误．故选：D．
