A．二氧化碳分子中存在共价键、分子间存在分子间作用力，分子中不存在分子间作用力，故A错误；
B．H2O中含有极性键，空间结构为折线型，属于极性分子；NH3中含有极性键，空间结构为三角锥形，正负电荷的中心不重合，属于极性分子；CH4中含有极性键，空间结构为正四面体，正负电荷的中心重合，属于非极性分子，故B错误；
C．同主族不同元素的最高价氧化物，不一定具有相同的晶体结构，如水和碱金属氧化物，冰属于分子晶体，碱金属氧化物属于离子化合物，故C错误；
D．氟化氢分子间存在氢键，氟化氢所以的沸点高于氯化氢的沸点，互为同分异构体，支链越多，分子的重合性越小，分子间作用力越弱，沸点越低，故D正确；
故选D．
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