细菌的基本结构包括：细胞壁、细胞膜、细胞质、遗传物质，有些细菌还有鞭毛、荚膜等特殊结构；真菌的基本结构包括：细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核，酵母菌的结构包括：细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核、液泡．
A、酵母菌是个单细胞个体，故A说法错误．
B、鞭毛和荚膜是细菌的特殊结构，有些细菌有，有些细菌没有．故也不能成为细菌与真菌的区别，故B错误；
C、真菌和细菌在细胞结构上的明显区别是有无成形的细胞核，故C说法正确．
D、酵母菌有细胞壁，故D说法错误；
故选：C
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