目前，工程垫资在法律上没有禁止，属于有效法律行为。但为避免风险，贵公司可以在施工合同中约定甲方应当在工程竣工交付前支付全部或大部分垫资款，否则贵公司可以拒绝交付已经完工的工程。同时，贵公司可以在施工合同中明确约定垫资款的利息，如果甲方资金较紧张，一般会同意在合同中约定垫资款利息的。另外，贵公司也可以在施工合同中约定甲方逾期支付垫资款的，应当向贵公司支付违约金，如果有可能，贵公司还可以要求甲方提供垫资担保。
按照合同约定办。
如果合同上有约定必须进行垫资施工，那只能按照合同办。
如果合同上没有约定，那你为了保险起见，和对方再签一个协议。
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