合浦火车站是广西沿海高速铁路钦州至北海段的中间站，全站为线侧平式站房，共两层，其中中部的候车厅一层，两侧功能用房两层。站房建筑面积为5971平方米，最高可以聚集600人。另外车站共建有基本站台、中间站台各1个，每个站台长450米，并设有8米宽的旅客进出站地道一座。目前还未投入客运使用。
