芥蓝生育期间常会发生猝倒病[Pythium aphanidermatum（Edson）Fitz]、软腐病[Erwinia aroideae（Towsend）Holland]、黑斑病[Alternaria brassicae（Berk.）Sacc.]、霜霉病[Peronospora psitica（Pers）Fr.]、黑腐病[Xanthomonas campestris（Pam）Dowson]、菌核病[Sclerotinic sclerotiorum（Lib）de Bary]等，但对这些病害的抗病种质资源尚缺乏研究。芥蓝对病毒病具有一定的抗性，如抗TuMV（芜菁花叶病毒）的品种有荷塘芥蓝、柳叶芥蓝、东圃芥蓝、2号芥蓝等。据郑岩松、方木壬（1996）研究结果表明：广东的芥蓝对TuMV有很高的抗性，田间基本无病毒病症，芥蓝对当地TuMV主导株系的抗性接近免疫，在芸薹属蔬菜抗病育种中，作为TuMV的抗源有着重要的利用价值。此外，还有一些地方品种如白沙中筷芥蓝、福州黄花芥蓝、梧州早芥蓝等对病毒病也具有较强的抗性。
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