可以说不经过，也可以说经过。说不经过，是因为穗莞深城际铁路在虎门有两个站点，一个是虎门东，一个是虎门北，是不经过广深高铁虎门站的。说经过，是因为虎门北站和虎门站是一体化建设的，可以说成是一个站，只是列车开往的地方不一样。虎门（高铁）站在地面一层和二层，而虎门北站则在地下负一层、负二层和负三层。
