既然乙公司撤回了仲裁申请，如果甲公司不履行协议，乙公司可以再次申请仲裁。此时的和解协议就无效了。甲公司当然有权索要5万元材料款。
《仲裁法》第四十九条
当事人申请仲裁后，可以自行和解。达成和解协议的，可以请求仲裁庭根据和解协议作出裁决书，也可以撤回仲裁申请。
第五十条
当事人达成和解协议，撤回仲裁申请后反悔的，可以根据仲裁协议申请仲裁。
最高人民法院关于适用《中华人民共和国仲裁法》若干问题的解释
第二十八条
当事人请求不予执行仲裁调解书或者根据当事人之间的和解协议作出的仲裁裁决书的，人民法院不予支持。
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