万顷沙属南亚热带海洋季风气候，冬无严寒、夏无酷暑、雨量充沛、光照充足、雨热同期，全年平均气温21.8℃，无霜期346天；年平均降雨量1635毫米，全年日照时间为1930小时。由于地处珠江入海口咸淡水交界处，辖区南部每年的12月至翌年的2月份为半咸水期，咸度约为1-8%，其余为淡水期 。
