南管乐曲分类有三: 一是“谱”,是纯粹的器乐演奏曲,共16套,每套由4至7个乐章组成,演奏技巧较复杂,每套均有标题以概述乐曲之性质,如“四时景”、“梅花操”、“走马”及“百鸟归巢”等。
二是“曲”,又称“散曲”,为供演唱用之单曲,唱词发音亦以闽南泉州土腔为主,少数曲子则以北方话演唱,俗称“南北交”,有近2000首。
三是“指”,有谱有词,可以器乐演奏,亦可歌唱,共存48大套,各套皆由数节组成,唱词除部分为宗教乐曲外,大多出于戏文。