windows 系统有一个叫做system hook的技术，用于让你对系统api做些手脚。
你可以通过注册一个新的TerminateProcess函数钩子，当系统调用这个函数时，就会调用你的函数，你的函数可以判断这个进程是不是你的程序，比如通过窗口的title,class什么的。
如果不是你的窗口，就调用原始的TerminateProcess，如果是你的窗口，就直接return.
另外，你也可以试试重载你的C#程序的WinProc方法，对于WM_CLOSE, WM_DESTORY, WM_QUIT之类的消息进行忽略，只对于自己发出的关闭才正常响应。
上述两个思路，你选择吧。代码没有功夫写。
你的那个思路技术上有些问题。
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