不整合最初发现于英格兰贝里克郡的西卡角,那里泥盆纪的老红砂岩盖在被掀斜上翘的志留纪地层上。英国地质学家赫顿,J.把这种不谐调的地层接触关系称作垂直地层与水平地层的连接或原生地层与次生地层的连接。维尔纳,A.G.把在德国观察到的同一现象称为偏离正规的层序。后来,英国的R﹒詹姆森于1805年用一个新创的英文术语unconformity(不整合)综合了上述两种称谓。
不整合的初次出现及随后对它的描述和解释,专指角度不整合,即隔开被掀斜或褶皱的下伏地层和近于水平的上覆地层间的一个侵蚀面,两套地层之间产状明显不同。1800年后,由于化石应用于确定岩层的地质年龄,不明显的间断,甚至层理面平行地层中的间断也被发现了。1906年提出假整合,即隔开层理基本上平行的地层间的一个明显而规则的侵蚀间断面,或凹凸不平的侵蚀间断面。1915年提出非整合,即隔开下伏的岩浆岩和上覆的沉积岩间的一个侵蚀面。因此,经常遇到两个含义的不整合:狭义的专指角度不整合;广义的泛指各种有沉积缺失的接触面,为多种不整合的总称。