细胞质基质是除去能分辨的细胞器和颗粒以外的细胞质中胶态的基底物质。细胞质基质实质上是一个在不同层次均有高度组织结构的系统可分为两个部分：
（1）微梁网络，分布在整个细胞中，由蛋白质性质的微梁纤维构成。
（2）水状的网络空间，其中溶解或悬浮着多种小分子，如糖、氨基酸、无机盐等。
微梁网络的边缘附着在细胞的质膜上，并与微管、微丝等细胞骨架成分交织成为网架，支挂着内质网、线粒体等细胞器。游离的多核糖体则悬于微梁网络的交叉点上。整个细胞质呈现复杂的结构秩序。细胞质基质是活细胞进行新陈代谢的主要场所，其为新陈代谢的进行，提供所需要的物质和一定的环境条件。例如，提供核苷酸、氨基酸等。
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