根据《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》（国家税务总局公告2011年第25号）第九条规定，企业固定资产达到或超过使用年限而正常报废清理的损失，应以清单申报的方式向税务机关申报扣除。第三十条规定，固定资产报废、毁损损失，为其账面净值扣除残值和责任人赔偿后的余额，应依据以下证据材料确认：1.固定资产的计税基础相关资料。2.企业内部有关责任认定和核销资料。3.企业内部有关部门出具的鉴定材料。4.涉及责任赔偿的，应当有赔偿情况的说明。5.损失金额较大的或自然灾害等不可抗力原因造成固定资产毁损、报废的，应有专业技术鉴定意见或法定资质中介机构出具的专项报告等。因此，上述公司的固定资产报废损失应以清单申报的方式向税务机关申报扣除。
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