要么以价税合计入成本，也就是不能抵扣了，要么和对方公司沟通开红字发票后重开一张一般来说都是价税合计入成本，因为后者沟通没几个企业会答应。试试沟通吧，如果发票是16年开的那就更难了，跨年红字账面处理不好处理。
