A、生物进化的基本单位是种群，A错误；B、生物与生物，生物与无机环境之间存在共同进化，生物的进化对于环境的改变是有影响的，B错误；C、自然选择决定生物进化的方向，C错误；D、生物进化的实质是种群基因频率的定向改变，D正确．故选：D．
