GSTpull-down一般指用一个带GST标签的重组蛋白，与目的蛋白进行孵育，最后用结合GST的Beads拉下相互作用复合物。免疫共沉淀一般是用某一蛋白的抗体，在细胞裂解液中与相应的蛋白结果，用ProteinA/G将抗原抗体复合物拉下，最后在拉下的复合物中检测目的蛋白的实验。二者都是用于检测蛋白相互作用的实验。区别是pull-down一般是验证体外相互作用；免疫共沉淀一般用于检测细胞水平的体内相互作用。
