这个问题不复杂。
基本规则就是收款出据。
建设单位代扣代缴税款时是给征收单位(收费单位)交了费用，收款单位给他出具了。
他交的钱是承包商的钱。
注意：上面说的是中期发生的往来关系。
工程竣工后建设单位应该向承包商支付工程款，具体数额就是干多少活儿给多少钱(此处不考虑质保金等杂项)，然后由承包商向相关部门缴纳税费。
由于中期建设单位替(此处为便于理解，不用代或帮)承包商缴纳了税费，所以后期承包商也就不用再缴纳税费了。
建设单位在决算时要从应给付的全额中扣回替承包商缴纳的税费额，但是不能无凭据的扣，那么他就应该拿中期收费部门给他的缴纳税费来顶账。
建设单位给付的工程款由两部分构成：现金(用现金来说明容易理解)加上缴纳税费等于工程款总额。
而承包商要给建设单位开具工程费总额的，这样才能平账。
事情简单，但是说起来有点儿拗口。
不知道我表达的是否透彻。
有问题可继续交流。
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