1、如果档案和户口打回原籍本身并没有什么坏处，可能会给以后工作带来一些麻烦，如毕业后你必须及时回原籍将户口落户，如果不落户或者户口迁移证弄丢的话，你将变成黑户，然后重新返校进行相关补签手续，很麻烦的；另户口弄回原籍后你的身份证如果没有重新办理的话，以后可能会在银行开户时因为公安系统找不到你的身份证照片而无法开户；再者比如你以后需要出国出差，出国旅游等涉及到签证或者办理通行证时你必须会原籍办理，而且原籍不一定开放自由出国旅行等，办理手续就比较麻烦。
2、如果你想把户口和档案保存在上海你可以打电话或者亲自到上海市人才市场，寻求保留档案和户口的一些需求。人才市场可以提供这种服务，但是你得每年缴纳一定的费用。等你在上海的工作已经稳定后可以通过公司重新转移。建议还是留在上海，这样以后很多地方会比较方便。
我只知道，户口和档案可以保留在学校2年或者1年，在你找到工作后，户口和档案直接转移到 上海高校指导中心 就是延安西路900号 集体户口，每年支付一定的托管费
上海户口相应会享受很多便利政策，而且上海户口申请难易大家都知道
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