情态动词的用法是后接动词原形，但是为什么会有类似should have done这种形式

情态动词后接动词原形指的是情态动词后跟的第一个词要用动词原形。你例举的这些形式中情态动词后虽然用了不同的时态，但是情态动词后跟的第一个词都用了动词原形，如have，be ，它们都是助动词，用来构成时态的。have done ，have worked是现在完成时态，be working 是现在进行时态，have been working 是现在完成进行时态。

1、一般来说，绝大多数情态动词，都有共同点：没有人称和数的变化；后面接动词原形。
2、但是，有些特殊情态动词会有人称、数的变化，主要有：
have to——has to/had to
be able to——am /is are/was were/ have/has/had been able to
3、你说的这种形式，与情态动词本身用法表述并不矛盾——
should 【have 助动词原形】【done过去分词】，这种形式主要表达虚拟语气功能，【过去本来应该做某事（却没有做到）】。
you could have worked 过去本来能够做某事（却没有做到）
4、英语动词形式多种多样：
助动词：do/does/did/have/has/had
系动词：be /become/get/turn/grow/seem/appear/feel/sound/taste/smell/look
实意动词：及物和不及物动词 come/arrive/go/leave reach/teach/show/tell
情态动词：can/may/ must/will/would/shall/should/might/ ought to/used to
5、英语动词又有三种形式：
时态：16种时态变化
语态：主动、被动语态
语气：陈述、祈使、虚拟语气

你所说的形式涉及到虚拟语气、动词时态等变化。

祝你开心如意！

should have done这种形式情态动词+完成时态，是一种虚拟语气的句型。用于劝说、评述，所表达的内容与现在事实相反的情。如，
You should have finished it（你实际上没做完）

have done，have worked ，have been working，是过去现在完成时；be working是个词组，而且could后接的动词不是work，是be