①纸层析法分离叶绿体中色素的实验结果中，橙黄色的胡萝卜素色素带最窄，含量最少，①正确；
②鉴定还原糖时，要先加入斐林试剂后，水浴加热可看到砖红色的沉淀，物质是Cu2O，②错误；
③在“观察DNA和RNA在细胞中的分布”的实验中，可选用洋葱鳞片叶内表皮细胞（没有色素）作为实验材料，甲基绿使DNA呈绿色，吡罗红使RNA呈红色，④错误；
④键那绿使得人口腔上皮细胞的线粒体呈现蓝绿色，④正确；
⑤洋葱根尖有丝分裂临时装片制作过程的步骤是：取材、解离、漂洗、染色、制片、观察，⑤正确；
⑥在探究pH对酶活性的影响实验中，pH是实验自变量，因变量是酶活性，温度等是无关变量，⑥正确．
故选：C．
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