深圳海事局隶属于交通部海事局，是正厅级单位，局长通常配备正局级。深圳海事局和广州海事局同级别，上级部门都是交通部海事局，但是平时业务会接受深圳市政府协调和领导，水上搜救中心可能接受市政府应急办领导，不隶属交通局。
