其实主要区别还是看前面的地名
中国目前特别行政区只有两个，香港特别行政区和澳门特别行政区。经济特区有七个，深圳、珠海、厦门、海南、汕头、喀什、霍尔果斯。香港特区、澳门特区，肯定就是指特别行政区了，而其它如深圳、珠海，自然就是经济特区。
另外，经济特区和行政特区的领导人职务也有所区别。经济特区虽然是【特区】，但特区并没有设置专职的领导人，一般都是由设立特区的本市领导人监管。比如深圳经济特区的最高领导人是深圳市市长、深圳市委书记。唯一的例外是海南特区，由于海南是省级单位，所以海南特区的最高领导人是海南省省长和省委书记。而特别行政区的最高行政长官成为【特首】，如香港特首梁振英和澳门特首崔世安。
不用刻意区别，因为在特区前面一般会加上城市名称，根据城市名称就知道是指的哪一种特区了。我国只有香港和澳门两个特别行政区，其他的特区都是经济特区。
经济特区主管部门是省市人民政府和经济特区管委会，特别行政区主管部门是当地行政机关（特首，立法会等）
一个是经济，一个是行政是不同的，经济是搞红济，行政是搞政治是一个国家对一个地区的特别的管辖主权的问题
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