不同的活体染色剂对不同的细胞器有染色专一性.詹纳斯绿B(Janus green B) 仅对线粒体具有专一性,而对液泡系没有专一性；中性红(neutral red)则对液泡系具有专一性,而对线粒体没有专一性.因此,用一种活体染色剂对细胞进行超活染色时,不能同时观察到线粒体、液泡系等多种细胞器.
健那绿染液是专一性的活细胞染料，线粒体细胞色素氧化酶使染料保持氧化状态（即有色状态）呈蓝绿色，而在周围的细胞质中染料被还原成为无色状态，因此可以使活细胞的线粒体呈现蓝绿色。而细胞质接近无色。线粒体能在健那绿染液中维持活性数小时，通过染色，可以在高倍显微镜下观察到生活状态的线粒体的形态和分布。
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