（1）在生态农业生态系统中起决定作用的因素是人类，生物以农作物、家禽、家畜为主，如果没有了人类的照料，农作物的优势就会被杂草取代，生态系统的平衡就会被破坏．
（2）农作物能进行光合作用制造有机物，在生态系统中扮演生产者；食用菌属于真菌，能分解农作物的遗物（下脚料）和动物粪便、废弃物等，在生态系统中扮演分解者．
（3）生物种类越多．食物链越复杂，营养结构越复杂，自动调节能力越强．而该生态系统该生物种类较少，营养结构简单，因此自动调节能力较小．
（4）该生态农业比传统耕作农业具有较高的经济效益，从能量角度看①大棚的利用提高了农作物光合作用的效率；②物质经多次重复利用，减少了物质能量的消耗，作物枝叶的综合利用提高了能量利用率．
故答案为：
（1）人；
（2）农作物；分解者；
（3）调节；营养结构
（4）①大棚的利用提高了农作物光合作用的效率；②物质经多次重复利用提高了能量利用率
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