A、计算火车通过南京长江大桥的时间，火车的长度不能忽略，火车不能看成质点．故A错误．B、研究“神舟六号”飞船绕地球飞行的轨道时，飞船的大小和形状能够忽略，飞船可以看成质点．故B正确．C、研究体操运动员在空中的动作，运动员的大小和形状不能忽略，不能看成质点．故C错误．D、质点是为了研究问题方便而建立的理想化模型．故D正确．故选：BD．
