北京协和医学院与清华大学于2006年9月起开展合作办学，可同时使用"北京协和医学院--清华大学医学部"作为第二名称，并依托清华大学，部分进入"211"和"985"工程建设行列。目前，北京协和医学院和清华大学分别各自独立招生和办学，和两所不同的大学没有本质上的区别。
北京协和医学院与清华大学于2006年9月起开展合作办学，可同时使用“北京协和医学院——清华大学医学部”作为第二名称，并依托清华大学，部分进入“211”和“985”工程平台建设行列，但是学校实际上还是独立的，清华大学也有自己的医学院。
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