我国芝麻病害的种类很多，常见的真菌性病害有立枯病、疫病、炭疽病、白粉病、枯萎病、病毒病、扁茎病、叶枯病、褐斑病、真菌性角斑病、茎点枯病、茎枯病、白绢病等，细菌性病害有青枯病和细菌性角斑病，还有病毒病。其中以茎点枯病、枯萎病、青枯病、立枯病、疫病、病毒病、叶斑病等危害较重而普遍，对植株生长发育和产量影响很大。
（1）茎点枯病
芝麻茎点枯病，俗称“黑秆疯”、“黑秆病”、“站秆”等，我国芝麻主产区普遍发生，在湖北、河南、江西等省危害较重。该病一般发病率为10%～20%，重者达80%以上，甚至成片枯死。芝麻茎点枯病的病原菌属半知菌类，球壳孢目，球壳孢科。病菌主要以小菌核在种子、土壤和病残株上越冬，第二年当土壤温度达到25℃以上时，小菌核产生菌丝进行初侵染，菌丝的生长适宜温度为30～32℃。植株发病后，在茎秆上长出很多小黑点，即分生孢子器，当孢子器吸水后，由孔口涌出大量孢子，借风雨传播，进行再侵染。分生孢子的耐旱力较强，在25～30℃最适宜萌发。病株的茎秆内和种子表面形成由菌丝组成的黑点状小菌核，能抵抗不良环境，在土壤中可存活两年之久。此菌除侵染芝麻外，还危害茄科、豆科、麻类等作物。
茎点枯病在芝麻整个生育期均可发生，但发病期主要有两次。第一次于播种后开始至现蕾、初花时结束，病菌侵入种子、幼苗的子叶和幼茎，会造成种子变褐烂种、烂芽或根腐死苗。第二次是从盛花期开始，终花期后大量发生，到成熟期达到高峰。一些病株虽能收到部分种子，但籽粒饱满度和含油率下降，品质降低。病菌侵染一般先从根部或茎基部开始，而后向茎秆上部逐渐蔓延，也有的从叶柄基部侵入而后蔓延到茎部。侵染部位首先产生褐色斑点，然后发展成绕茎的黄褐色梭形斑块，呈水渍状，以后周围呈黑褐色，中部变为灰白色，上面密生很多分生孢子器和小菌核，呈小黑点状。最后病菌侵染根、茎的皮层及内部，最后发展到整个植株，造成全株枯死。
防治芝麻茎点枯病的主要技术措施包括：①选种抗病品种，如“中芝”系列、“鄂芝”系列、“豫芝”系列、“赣芝”系列、“冀芝”系列品种等。②轮作换茬，与非寄主作物轮作3年以上。③种子处理，如种子带菌，可用55℃温水浸种10～15分钟；每500克种子用0.5%五氯硝基苯2.5克拌种；用0.1%～0.3%多菌灵或0.1%瑞毒霉浸种30分钟，晾干播种。④加强田间管理，增施磷钾肥，排渍抗旱，使植株生长健壮，增强抗病力。⑤喷药防治：40%多菌灵1000倍液于苗期、蕾期、盛花期喷雾，每次每667米2用量为75千克；或50%退菌特1500倍液、70%甲基托布津800～1000倍液，于封顶前后喷洒2次（间隔7～10天）。
（2）枯萎病
芝麻枯萎病，俗称“半边黄”或“黄死病”，是我国北部和中部芝麻产区发生的一种较普遍而严重的病害，在河南、安徽、湖北、河北、山西等省发生较重。一般发病率5%～10%，严重时达30%以上。芝麻枯萎病的病原菌属半知菌类，丛梗孢目，瘤座菌科。病菌常称镰刀菌，因病菌产生大、小两型孢子，大型孢子为镰刀形，小型孢子为卵圆形。分生孢子最适宜的培养温度为30℃。病菌潜伏在种子、土壤和病株残杆中越冬，第二年从根尖、伤口侵入，也可直接侵染健全的根，进入导管，向上蔓延至植株各部。当5厘米土温在25～27℃、水分含量10%～20%时，有利于枯萎病的发生。此病也危害甘薯等作物。
芝麻整个生育期均可感病，但以花蒴期发生较多，盛花期为发病高峰期。此病在6月份开始发生，危害幼苗猝倒枯死，造成缺苗。若苗期多雨，则死苗更重。
7月下旬至8月上旬为发病盛期，尤其在雨水多，土壤湿度大或土壤贫瘠的沙壤土上发病严重。后期发病，先是根部半边根系变褐色，逐渐向相同的半边茎秆延伸，呈红褐色干枯的条斑，潮湿时病斑上出现一层粉红色的粉末，病茎的导管或木质部呈褐色。病株一侧的叶片由下向上变黄变小，也呈半边黄的现象，以后逐渐枯死脱落。后期发病常使蒴果变小，引起炸蒴落粒，籽粒变褐且不饱满。
芝麻枯萎病的防治措施主要有：①选用抗病品种及无菌种子。②轮作换茬，每隔3年以上种植一次。③药剂防治，用0.5%硫酸铜液、0.1%多菌灵浸种30分钟；大田植株每10天喷1次0.2%的硫酸铜液、40%多菌灵1000倍连续2～3次，可起到好的防治作用。
（3）青枯病
芝麻青枯病在全国各地都有发生，但以江西发生最重。一般发病率5%以下，重病地可达40%左右。芝麻青枯病为细菌性病害，病原菌为假单胞杆菌，属真细菌纲，假单胞细菌目，假单胞杆菌科。此病除危害芝麻外，还危害大豆、花生、烟草、马铃薯、茄子、菜豆等作物。
病菌主要通过病残株在土壤中越冬，经流水、地下害虫及农具传播。病菌从根部或茎基部伤口或自然孔口侵入，发病初期茎部出现暗绿色斑块，以后逐渐加深，变成黑褐色条斑。病株茎顶部常有2～3个梭形溃疡状裂缝，初发时白天萎蔫，晚上恢复，几天后失去恢复能力。茎部维管束变褐，并逐渐蔓延到髓部，造成空洞，病部常流出菌浓，干燥后转变为漆黑亮晶的颗粒。不久则全株枯萎，蒴果不能正常成熟，严重的地段成片枯死。在21～43℃范围内，温度越高，发病越重。
青枯病的防治方法：①与禾本科、棉花、甘薯等进行2～3年以上轮作。②加强田间管理，排除渍水，施足底肥，增强植株抗性。③及时拔除、销毁病株，并用石灰水消毒病穴。
（4）病毒病
病毒病在我国芝麻主产区均有发生，局部地区危害较重。据中国农科院油料所研究发现，我国芝麻的病毒病主要是由花生条纹病毒（PStV）、芜菁花叶病毒（TuMV）等引起的。我国芝麻病毒病有三种类型，即黄花叶型、普通花叶型和混合型（皱缩花叶、黄化）。由花生条纹病毒引起的芝麻黄花叶病毒广泛流行于我国河南、湖北、安徽等芝麻产区，流行年份发病率可达50%以上，对芝麻产量有较大的影响。蚜虫是芝麻病毒病传播的载体，花生条纹病毒、芜菁花叶病毒等能通过桃蚜传播到芝麻上。一般在6～7月份高温干旱蚜虫大量发生的情况下，芝麻病毒病流行最盛，与蚜虫的发生高峰期相吻合。
芝麻苗期和中后期均可发病，在6月份开始发病，7月中下旬为发病高峰。发病后叶片卷缩，形成花叶，病株顶端下垂，不能结蒴或很少结蒴，对产量有一定的影响。
防治方法是种植抗病品种，防治蚜虫以避免传播病毒等。
（5）立枯病
芝麻立枯病在我国芝麻产区都有发生，主要在苗期发病。病原菌为半知菌类，无孢霉群，丝核菌属。寄主范围很广，最普遍的有甜菜、茄子、辣椒、马铃薯、番茄、棉花、菜豆等。病菌以菌丝和菌核在土壤中越冬，可存活多年。菌丝为白色，分枝多，不产生分生孢子，常形成菌核。发病时，在幼苗茎基部的一侧出现暗褐色病斑，逐渐扩大绕茎一周，病部凹陷腐烂，最后缢缩呈线状，严重时从地表处折断，萎蔫而死。病菌随地面流水、风雨和农事操作而传播。芝麻出苗后如遇低温，降雨多，湿度大，生长不良，则发病严重。防治方法，一是防止田间渍水；二是用五氯硝基苯处理土壤，可杀死土壤中越冬病菌；三是用0.5%硫酸铜浸种30分钟，或种子用0.2%福美双、0.1%多菌灵拌种，预防效果较好。
（6）疫病
芝麻疫病在我国南方发病较重，尤其在湖北、江西等省。病原菌属藻状菌纲、霜霉目、腐霉科、疫霉属。病菌终年存活于土壤中，种子也能带菌，仅对芝麻有致病性。在芝麻生长发育的任何时期，病菌可侵染地上任何部位。一般在7月份芝麻现蕾期开始发病，花期流行，在高湿的条件下发病严重。从茎基部侵入，为初侵染，形成孢子束和游动孢子，借风雨、流水进行再侵染。发病初期的侵染部位为深绿色水渍状，后变为黑褐色，茎基部干缩溃疡。在潮湿情况下，病部长出絮状菌丝。叶片感病，形成较大黄褐色病斑，略现轮纹。防治方法，一是轮作和防止田间渍水，二是用波尔多液（石灰、硫酸铜、水的比例为3∶3∶50）或0.1%硫酸铜液于6月底或7月初喷施1～2次。
茎点枯病
防治方法:发病初期喷70%代森锰锌可湿性粉剂800倍液,或50%多菌灵500倍液,或70%甲基托布津可湿性粉剂600倍液,每隔7天喷1次,连喷2～3次,兼治枯萎病。
疫病
防治方法:发病初期喷1∶1∶100的波尔多液,或58%甲霜灵·锰锌可湿性粉剂500～600倍液,或75%百菌清可湿性粉剂600倍液。
青枯病
防治方法:发现病株及时拔除,并用石灰水泼浇病穴。在发病初期用50%多菌灵可湿性粉剂500～800倍液喷洒防治。
叶斑病
发病初期喷75%百菌清可湿性粉剂1000倍液,或1∶1∶150的波尔多液。每隔7～10天喷1次,连喷2～3次,兼治叶枯病。
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