1998年李昌钰获得美国鉴识科学学会颁发的鉴识科学领域的最高荣誉奖--刑事领域杰出服务奖，美国法庭科学学会颁发的杰出成就奖，国际鉴识学会终身荣誉奖，美国物证技术学家委员会的优秀服务奖，美国司法基金会的最高司法荣誉奖，以及康州政府官员道德委员会所颁发的首位公共服务操守奖。
2006年李昌钰除担任美国康州政府荣誉鉴识中心主任，负责主管重大刑案侦察以及鉴识科学、刑事科学的鉴定之外，还担任台北刑事警察局、调查局、法医中心总顾问。他被聘为中国的北京、上海、四川省刑事鉴识中心名誉主任，并担任了北京中国人民公安大学、西安交通大学、江汉大学、沈阳中国刑事警察学院的名誉教授、纽约警察总局刑事鉴识中心顾问。
2007年，李昌钰荣获世界杰出华人奖，同时被美国哈姆斯顿大学授予荣誉博士学位。2009年10月，李昌钰获聘西北政法大学荣誉教授。2013年3月，李昌钰获聘为中国石油大学(华东)荣誉教授。2013年12月，李昌钰获聘为河南科技大学荣誉教授、河科大法医学院名誉院长 、福州大学荣誉教授。2016年5月23日，李昌钰获聘为杭州电子科技大学兼职教授
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