纸电泳和聚丙烯酰氨凝胶电泳的目的是相同的,都是利用电泳技术分离蛋白质。其他像电泳设备,电泳材料,实验操作,分辨率,电泳时间都是不同的。而且纸电泳是那种设备简单,分辨率差,时间长的原始技术手段,现在基本上已经绝迹了。它的缺点基本上都是现在常用的电泳技术也就是聚丙烯酰氨凝胶电泳的优点。