按物流信息系统的功能分类事物处理信息系统、办公自动化系统、管理信息系统、决策支持系统、高层支持系统、企业间信息系统；
按管理决策的层次分类可分为物流作业管理系统、物流协调控制系统、物流决策支持系统；
按系统的应用对象分类面向制造企业的物流管理信息系统、面向零售商、中间商、供应商的物流管理信息系统、面向物流企业的物流管理信息系统（3PLMIS) 、面向第三方物流企业的物流信息系统；
按系统采用的技术分类单机系统、内部网络系统、与合作伙伴、客户互联的系统。
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