另两方是入股了甲公司还是新设立合资公司?如果是前者建议合资协议里注明商标权仅属于甲方,或者先转让给甲方再授权公司使用,如是新设立合资公司仅为授权使用就不会产生纠纷
商标注册注册证上的申请人应该是甲方公司吧,所以该商标所有权属于甲方。三方之间有没有签署授权使用合同?