A、离子是带电的原子或原子团，但是带电的微粒不一定是离子，例如电子带负电但不是离子，故A错误；B、单质只含一种元素，所以含一种元素的纯净物一定是单质，故B正确；C、含碳元素的化合物不一定是有机物，例如一氧化碳含有碳元素，但不属于有机物，故C错误；D、构成物质的微粒有分子、原子、离子，所以物质不一定由分子构成，故D错误．故选：B．
