细菌是原核生物，酵母菌是真核生物，所以他们本质的区别就是有无成形的细胞核，细菌没有，酵母菌有。其次，细菌只有核糖体这一种细胞器，能进行有氧呼吸或者无氧呼吸，因为在细胞溶胶中（细胞质基质）含有相关的酶；酵母菌具有各种完整细胞器，可以既进行有氧呼吸，有进行无氧呼吸，属于兼性厌氧。第三，细菌具有拟核，里面只有大型环状DNA，在细胞质中还有质粒；酵母菌具有完整的细胞核，外面有核膜，里面具有染色体，核仁。
菌落特征比较：
细菌：湿润,粘稠,易挑起
放线菌：干燥,多皱,难挑起,菌落较小,多有色素
酵母菌：湿润,粘稠,易挑起,表面光华,比细菌的菌落大而厚
霉菌：菌丝细长,菌落疏松,成绒毛状、蜘蛛网状、棉絮状,
无固定大小,多有光泽,不易挑起
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