A、堵住瓶口，不久水便停止从小孔中射出，因为在流出一部分水后，瓶内上方空气的体积变大，气压就变小，小于外界大气压，水就停止从小孔中射出．故A错误；
B、液体的压强与深度有关，随着瓶内水位的降低，瓶内水对瓶底的压强将变小，故B错误；
C、随着瓶内水位的降低，水的质量减小，高度也减小，则水的重力势能减小，故机械能越来越小，故C错误；
D、液体的压强与深度有关，随着瓶内水面的降低，水喷出的距离越来越短，是因为小孔处水的深度逐渐变小、压强变小，故D正确．
故选D．
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