一种说法是:太子朱慈烺兵荒马乱之中失踪。却说亲信太监接受崇祯皇帝嘱托,藏匿了太子等三人。李自成进入北京后,发布悬赏令,寻找这三个重要人物的下落。太监见利忘义,为重赏所诱,很快交出了三人,邀功请赏。李自成鉴于他们还未成年,没有处死他们。太子乘机向李自成提出三条建议:第一,不可惊动祖宗陵寝;第二,迅速安葬父皇、母后;第三,不可杀害百姓。从以后的事态发展来推断,李自成似乎接受了这些建议。李自成出征山海关兵败后,把太子等三人,交给了吴三桂。多尔衮命令吴三桂不得进入北京,向西追击李自成,吴三桂不得不把太子等送到太监高起潜处暂时落脚。随着政权的迅速更迭,兵荒马乱之中,太子等三人便不知下落了。
第二种说法是:被清廷捕获杀害。崇祯太子一行三人后来到了外公周奎家中,还和长平公主见过一面,大家抱头痛哭。皇亲周奎害怕引来祸水,便将他们逐出家门,被巡逻的士兵逮捕。叫来太监辨认,都说是真太子,于是把他们送入宫中,考察他们对宫廷的熟悉情况,都对答如流。而一些投靠清朝的前明官员为了避免麻烦,极力证明太子是假的。一时间众说纷纭,真假莫辨。摄政王多尔衮的态度很明确,不必继续争论,真假都无妨。随后处死了主张太子是真的官员,又在次年四月初四,公开布告天下,说太子是假的,然后把他们秘密处死。清朝廷为什么这么做呢?因为不愿意承认前明的太子,果断处死,是为了避免改朝换代之际引起民心动摇。
这种说法在《石匾书后集》中的《烈帝本纪》及《太子本纪》中均可看到,应该说是符合历史真相的。但是,又有记载说后来太子在南方出现了,与此种说法似乎矛盾:慑于多尔衮的命令,吴三桂不得进京,他在途中释放太子,在皇姑寺把他交给太监高起潜。高起潜和太子前往天津,由海路抵达扬州。他发现南明当局并不欢迎太子,想杀死了事。他的儿子高梦箕(原任鸿胪寺少卿)极力反对,挟太子渡江,辗转来到苏州、杭州。
这时候已经当了监国的朱由崧,听说崇祯皇帝的太子前来投奔,十分害怕,因为如果证明这个少年真是太子,他就得归政,于是朱由崧打定了主意,坚决不承认前来投奔的少年是真太子。但是无论在朝廷上如何盘问,少年都对答如流;从北方逃过来的老太监也都指认少年确实是太子朱慈烺,尽管如此朱由崧还是一口咬定少年是假扮太子,不由分说把他关进监狱,并将知道内幕的一些大臣毒死。据说,后来清军攻破南京,太子朱慈烺被押回京,在北京被清朝当局处死。清朝方面的行动,使真假太子之谜又蒙上了一层政治色彩,更加难以辨别了。
明遗民陆圻《纤言》,简略版
真太子--南太子
吴三桂击败李自成救出太子,把太子隐匿于皇姑寺,太子自荐高起潜被带到淮扬,起潜奉弘光朝廷密诏欲杀太子,其侄高梦箕曰不可,挟太子渡江,太子南渡之事在弘光朝廷中传得人人皆知,弄出了辨别太子真伪的南渡太子案,太子被定性为王之明假冒,南京失陷后被多尔衮抓获杀之。
永王--北太子
北京失陷后,永王久潜民间,甲申九月,出求见袁妃、长公主,相抱持大恸,多尔衮殿中勘之,言宫中事颇合,以讯内官,莫敢认者。呼旧侍卫锦衣卒十人讯之,咸言是永王。多尔衮杀之。
定王--朱三太子
李自成被吴三桂打败后携定王至荆襄,又被左良玉军冲散,定王入左良玉军,左良玉不知,左良玉被黄得功所败,定王被功部下黄蜚所救,以实告,蜚秘其事。明年五月,得功亡,蜚携走太湖,遇江西乐安王,蜚托之。定王辗转江西、闽、湖广、江南,当过和尚、结过婚、穷困潦倒,遇江宁赵同知,当涂知县带到太平,随到江宁。