A、原子是化学变化中的最小微粒，故A正确；B、分子、原子、离子都是构成物质的基本微粒，故B错；C、由原子构成的物质原子能保持物质的化学性质，但有的物质不是由原子直接构成的，则此种物质中的原子不能保持物质的化学性质，故C错；D、原子是化学变化中最小的粒子，不在这个前提下，原子还能分成更小的粒子，故D错；故选：A．
