这个问题要从以下角度分析
原则上，承包工程给个人，应该到税务机关代开发票。上述所谓“找了家公司开票”的行为属于虚开
虚开发票（即便不是专票），也是违法。被税务机关查到，是有可能处罚并且进行企业所得税纳税调整的。
如果和税务机关就上述处理产生争议，可以提起税务行政复议/诉讼。
工程回填土承包人（个体），应当申报税务机关缴纳税款代开发票，而不应是找第三方开具（非税务机关）。第三方开具人，无论是正常户还是非正常户，都不得为与自己没有实质卖买（购销）关系的人代开发票。其行为构成虚开发票的违法事实，应受到法律的处罚。财务人员，不得受理不合法的发票入账。否则，要承担连带法律责任。
增值税普通发票本来就不能抵扣！
收到非正常户开具的增值税普通发票，正常入账，不存在什么问题。
如果是非正常户开具的增值税专用发票，需要进行进项转出或不得抵扣。
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