南阳科技馆是财政全供事业单位，上级主管部门是南阳科学技术协会。其不属于南阳市科技局的下属单位。南阳市科技局的下属单位如下：1、南阳市知识产权局；2、21世纪议程管理办公室；3、卧龙农业高新科技示范园区管理委员会；4、情报所；5、微机开发应用中心；6、科技培训中心；7、科技开发中心；8、科技信息中心。
